国内电子商务是国内贸易，而跨境电子商务实际上是国际贸易，因其具有的国际元素，而区别于一般的电子商务。

较之国内电子商务，跨境电子商务业务环节更加复杂，需要经过海关通关、检验检疫、外汇结算、出口退税、进口征税等环节。在货物运输上，跨境电商通过邮政小包、快递方式出境，货物从售出到国外消费者手中的时间更长，因路途遥远、货物容易损坏，且各国邮政派送的能力相对有限，集聚增长的邮包量也容易引起贸易摩擦。国内电子商务发生在国内，以快递方式将货物直接送达消费者，路途近、到货速度快，货物损坏概率低。